Bakteriofagi
Bakteriofafgi to najbardziej liczna grupa organizmów żyjących na ziemi, w drodze ewolucji zaprojektowane zostały wyłącznie do infekcji komórki bakteryjnej. Na przestrzeni miliardów lat ewolucja fagów przebiegała równolegle z bakteriami, dzięki czemu organizmy te są wstanie przeżyć w ekstremalnych warunkach środowiskowych takich jak, gleba, odpady zwierzęce czy przewód pokarmowy. Badania wykazują, że fagi posiadają szereg zalet (wysoka specyficzność oraz bardzo dobre właściwości wiązania) przydatnych zwłaszcza w badanich z wykorzystaniem przeciwciał, co jest szeroko stosowane w badaniach mikrrobiologicznych. Bialka fagowe zapewniają wysoką wiarygodność w wielu, różnych aplikacjach, również w tych opierających się na na najbardziej złożonych matrycach, takich jak żywność.
Campylobacter
Od momentu wdrożenia, w wielu krajach, systemu do monitorowania Campylobacter, znacząco wzrosła liczba zakażeń, wywoływanych przez tę bakterię, a w szczególności przez Campylobacter jejuni (bakterię ciepłooporną). Objawy związane z zakażeniami - posocznica, infekcje wtórne oraz zepół Guillain-Barré'a (komplikacje neurologiczne) - są bardzo dobrze udokumentowane i mogą być poważne w skutkach. Campylobacter jest trzecią, patogenną bakterią, po Salmonelli i Listeri, odpowiedzialną za zgony, po spożyciu zakażonej żywności. Campylobacter występuje głównie u zwierząt ciepłokrwistych, szczególnie wśród drobiu. Przenoszenie bakterii do organizmu człowieka następuje zwykle przez spożycie zakażonej, niedogotowanej żywności (drób, baranina, wieprzowina), kontakt ze skażonym środowiskiem, wodą, w zakładach produkujących żywność oraz zakładach zajmujących się hodowlą zwierząt (fermy drobiu). Występowanie w dużej ilości Campylobacter w takich próbkach, brak odpowiednich regulacji w większości krajów oraz wymagań dotyczących kompleksowych analiz, to główne przyczyny braku skutecznych metod badań przesiewowych w kierunku Campylobacter.
Clostridium difficile
W ostatnich 10 latach liczba poważnych zakażeń Clostridium difficile znacząco wzrosła. Jest to spowodowane nabyciem przez szczep tej bakterii, pochodzący z Ameryki Północnej, nowych cech zjadliwości. Obecnie w Stanach Zjednoczonych, rocznie hospitalizowanch jest około 250 000 osób oraz 14 000 umiera z powodu zakażeń, wywoływanych przez C. difficile. Ten nowy szczep bakterii, dzięki możliwości wytwarzania większych ilości toksyn A i B, jest bardziej oporny na antybiotyki z grupy fluorochinolonów, a ponadto jest również obecny w krajach europejskich.
Szczegółowe informacje znajdują się na stronie BE S.M.A.R.T WITH RESISTANCE
Enterobacteriaceae
W podejściu kompleksowym dotyczącym jakości produkcji żywności, z uwzględnieniem planów HACCP i procedur oceny ryzyka, podkreśla się rolę wskaźników jakości, takich jak ogólna liczba drobnoustrojów, bakterie z grupy coli, Escherichia coli i Enterobacteriaceae, jaką odgrywają w monitorowaniu stanu sanitarnego żywności i jej jakości handlowej.
Ocena ilościowa Enterobacteriaceae to kluczowy wskaźnik higieny zawarty w Rozporządzeniu Komisji Europejskiej EC 2073/2005, dotyczący mikrobiologicznych kryteriów żywności.
W Rodzinie Enterobacteriaceae znajdują się ważne mikroorganizmy powodujące zepsucia żywności oraz patogeny jelitowe, takie jak Salmonella spp., Shigella spp oraz inne.
Escherichia coli O157
Poważne zagrożenia związane z infekcjami wywoływanymi przez Escherichia. coli O157:H7, głównie w wyniku spożycia zakażonego mięsa lub mleka, są obecnie szeroko opisane w literaturze.
Standardowe procedury dotyczące higieny żywności oraz jej przechowywania coraz częściej nie są wystarczające do skutecznego ograniczania występowania tego mikroorganizmu. Badania przesiewowe w kierunku tego patogenu obecnie zyskują coraz bardziej na znaczeniu w kontekście bezpieczeństwa żywności.
Enterobacter sakazakii (Cronobacter)
Pathogen występujący w odowodnionej żywności, przeznaczonej do żywienia niemowląt (PIF - ang. Powdered Infant Formula). Mikroorganizm izolowany z różnych produktów żywnościowych oraz z różnych środowisk, takich jak woda, gleba (Fanning i Forsythe, 2007). W badaniach został wykryty w mleku w proszku, czekoladzie, płatkach śniadaniowych, przyprawach, makaronie. Enterobacter sakazakii nie występuje powszechnie w żywności odwodnionej. U noworodków bakteria ta może, w rzadkich ale zagrażających życiu przypadkach, wywoływać zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych (współczynnik śmiertelności od 10-55%), posocznicę, martwicze zapalenie jelita cienkiego oraz okrężnicy (NEC - ang. Necrotising enterocolitis) (współczynnik śmiertelności 40-80%), oraz martwicze zapalenie mózgu (Bowen & Braden, 2006). Enterobacter sakazakii należy do rodziny Enterobacteriaceae, bakteria ta w 1980 została opisana przez Farmera i innych jako nowy gatunek. Niedawno taksonomia E. sakazakii została zmieniona, w wyniku czego dla E. sakazakii oraz 6 innych gatunków zaproponowao nową nazwę rodzaju, taką jak Cronobacter (przedstawiona do opublikowania w IJSEM*). * International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology
Legionella
Legionella to bakteria patogenna, która jest przyczyną tzw. choroby Legionistów, znanej jako legionelloza. Choroba ta jest poważną odmianą zapalenia płuc i jeśli nie jest właściwie diagnozowana i wcześnie leczona, może powodować śmierć. Zakażenia wywoływane są przez wdychanie zakażonych Legionellą aerozoli wodnych, pochodzących z takich źródeł jak wieże chłodnicze, prysznice, ośrodki spa. Do grupy największego ryzyka zalicza się osoby dorosłe płci męskiej o obniżonej odporności, palące, nadużywające alkohol oraz diabetyków. W 2005 we Francji zarejestrowano 1500 przypadków legionellozy oraz 5700 w całej Europie. Według Centrum Prewencji i Kontroli Chorób (ang. CDC Centers for Disease Control and Prevention), w Stanach Zjednoczonych rejestruje się co roku od 8000 do 18000 przypadków legionellozy.
Listeria
Bakterie należące do rodzaju Listeria są wszędobylskie, wśród których tylko jeden rodzaj jest patogenny. Listeria izolowana jest z różnych rodzajów żywności takich jak: produkty mleczarskie, mięso, warzywa, owoce morza, oraz z próbek środowiskowych, zwłaszcza pobieranych z zakładów produkujących żywność. Listeria monocytogenes jest jedynym gatunkiem patogennym dla człowieka. Listerioza wśród ludzi może powodować takie powikłania jak: zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych, posocznicę, encefalopatię, oraz poronienia. Do grupy ryzyka należą kobiety w ciąży, noworodki, pacjenci o obniżonej odporności, oraz osoby starsze. Listeria monocytogenes powszechnie występuje w środowisku i stanowi potencjalne ryzyko po spożyciu surowej, częściowo przetworzonej oraz fermentowanej żywności.
Staphylococcus aureus oporny na metycylinę (MRSA)
Mycobacterium avium ssp paratuberculosis
Mycobacterium avium ssp paratuberculosis (MAP) jest etiologicznym czynnikiem choroby Johnnego, ziarniakowatego zapalenia jelit, występującego u bydła, owiec, kóz oraz innych gatunków dzikich zwierząt, nie należących do przeżuwaczy. W wielu krajach wprowadzono programy w zakresie kontroli tej powszechnej choroby przewodu pokarmowego, jednkaże efekty tych programow nie zawsze są zadowalające. Różnorodność próbek kału, obecność ihibitorów PCR to zasadnicze kwestie w ustalaniu wiarygodnych badań, których celem jest wykrycie bakterii Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis wywułującej chorobę Johnnego wśród zwierząt.
Salmonella
Salmonella jest główną przyczyną zatruć na świecie. Infekcje powodowe przez Salmonellę wywołują następujące objawy: gorączka, biegunka oraz skurcze brzucha. Salmonella może występować w przewodzie pokarmowym ludzi, ptaków i innych zwierząt. Przenoszenie Salmonelli do organizmu człowieka związane jest głównie przez zakażenie żywności odchodami zwierząt.